No início da década de setenta, preocupado com incidência de enchentes, inundações e vendavais, o governo catarinense, após análise das características climatológicas, constatou que o Estado era assolado por uma grande quantidade de ocorrências de desastres naturais, diante desta constatação, tratou de criar um órgão que pudesse prevenir ou minimizar os efeitos desses desastres, assim, o então Governador do Estado, o engenheiro Colombo Machado Salles, em 18 de maio de 1973, através da Lei nº 4.841, organizou a "Coordenadoria Estadual de Defesa Civil" (CEDEC), vinculada ao gabinete do Governador do Estado, para desenvolver atividades destinadas a evitar ou limitar os efeitos de fatores adversos que viessem a determinar situação de emergência ou estado de calamidade pública.
Um marco extremamente importante foi a criação do “Fundo Estadual de Defesa Civil” (FUNDEC), através da Lei n° 8.099/90, para garantir recursos financeiros para a execução das ações de socorro, assistência às vítimas e restabelecimento dos serviços essenciais, quando oficialmente homologado pelo Estado a “Situação de Emergência” ou o “Estado de Calamidade Pública”, bem como, para viabilizar as ações de reconstrução e de prevenção.
Vislumbrando a necessidade de adequação à legislação federal, o Governo Estadual através da Lei n° 10.925/98, estruturou o “Sistema Estadual de Defesa Civil”, que foi regulamentado através do Decreto n° 3.570/98, que por sua vez precisou ser atualizado através do Decreto n° 2.039/01
Em homenagem ao criador da Defesa Civil catarinense, pelo Governador Colombo Machado Salles, foi instituída a medalha “Mérito da Defesa Civil do Estado de Santa Catarina”, através do Decreto n° 1.365/08, destinada a laurear militares estaduais e federais, civis e instituições que tenham se destacado por relevante participação nas atividades concernentes à Defesa Civil, de modo a se tornarem merecedores do reconhecimento público.
Com a promulgação da Lei Complementar nº 534/11, a Defesa Civil passou a ter status de Secretaria de Estado, passando a ser denominada “Secretaria de Estado da Defesa Civil”, sendo estruturada através de um novo organograma, contando com as Diretorias de Gestão de Risco, Diretoria de Gestão de Desastres, Diretoria de Gestão de Educação e Capacitação, e com a Diretoria de Gestão Financeira e Administrativa.
O Decreto nº 553/11 criou a "Comissão Estadual de Prevenção, Preparação e Resposta Rápida a Emergências Ambientais com Produtos Perigosos" (CE-P2R2), destinada a implantar e promover ações de prevenção, preparação e resposta rápida a acidentes ambientais com produtos perigosos.
A Lei Complementar nº 741/19, que alterou profundamente a estrutura organizacional básica e o modelo de gestão da administração pública estadual, sendo que no âmbito do poder executivo a Defesa Civil, deixou de ser uma Secretaria de Estado, e passou a ser um órgão ligado diretamente ao Gabinete do Governador.
A Medida Provisória nº 257/2023 que alterou a Lei Complementar nº 741/2019, elevou novamente o status para Secretaria de Estado, passando a ser denominada “Secretaria de Estado da Proteção e Defesa Civil”, sendo efetuado a inclusão em seu nome da palavra “proteção”, visando destacar a missão primordial desta Secretaria, tendo em vista que suas ações são voltadas para a proteção do cidadão catarinense.
No dia 18 de maio de 2023 a Defesa Civil vai completar 50 anos de atividades, sendo que neste dia é comemorado em Santa Catarina o “Dia Estadual de Ações de Defesa Civil”, que foi estabelecido através da Lei nº 14.706/09, que foi consolidada através das leis nº 16.719/15, nº 17335/2017 e nº 18.531/22.